如果只是谈诱变后对种质效果影响的话，都是随机的，没法定向操作，目前只有转基因技术是可以预测知道效果的。其它的育种手段无论是物理的还是化学诱变方向上都是盲目的，需要进行大量的后续筛选工作，从诱变的种子中筛选出你感兴趣的有利的诱变效果，所以诱变过程很简单，难的是对诱变的种子或者细胞进行高通量的筛选，得到对种质有改善的诱变种。
但是不同诱变育种手段对基因组效果是不一样的，化学手段诱变育种对基因组的影响主要是碱基替换，造成点突变，因此对基因组影响较小，可以通过图位克隆或者重测序手段追溯到突变位点，最终知道导致种质性状改良的基因。而物理诱变手段对染色体伤害较大，染色体损伤造成染色体变异，基因组会发生高强度的变异，因此最终变异位点多，理论上可以筛选得到多个性状改善的突变种，但是无法分析突变位点和性状改良的基因水平的原因。