杂件水稻很好理解，就是两个不同品种进行杂交，因为子代可以具备两个双亲的优势性状和杂交优势。转基因水稻就是对水稻品种进行基因改良，使水稻品种获得额外的性状。不过杂交水稻在很大程度上受限于亲本性状，你想获得抗盐高产品种，你用来杂交的亲本必须有一个是抗盐的。而转基因这不需要，只要将抗病虫害基因通过基因操作方法转入基因组可以轻易获得抗病虫害品种。现在有crisper/cas基因操作技术，利用基因技术对基因组基因进行敲除，一般不认为是转基因，但是属于GMO(genetically modified organism) 范畴，袁隆平的去镉水稻就是在这个技术下获得的。
杂交大量推广且赞扬是应该的，提高了水稻产量。但粮食有剩余了消费者又开始挑剔了，现在超市卖的贵的米都不是杂交水稻，产量高和口感佳很难兼得。转基因也不是那么多人反对，知道其过程的科学家就更少了，即使是作为产品竞争对手的袁隆平也不会说反对的，因为你想要获得品种质的突破，进行基因改良是最好的方法，去镉水稻就是例子。在自然环境中也是存在转基因的，我们现在吃的红薯就是天然转基因导致的地下块根膨大的。
参考资料：http://www.pnas.org/content/112/18/5844