现代进化论与达尔文进化论相比，基本上只是继承了其核心自然选择学说。现代综合进化论因为是在孟德尔遗传定律后提出的，所以深入到了基因水平，进一步随着分子生物学的发展达到分子水平。
1，否定了达尔文进化论的进化单位即个体，个体没办法谈论进化，进化的基本单位是群体，种群基因库基因频率的变化导致的进化。
2，同理，彻底否认了获得性遗传，因为遗传性状已经知道是由基因控制的，变异也是基因水平的变异，外界环境导致的性状变化无法遗传，遗传物质的变异才可以遗传。
3，进化来源即材料的阐明：基因重组和基因突变，基因突变导致新的等位基因产生，基因重组使不同个体之间的基因型造成差异，不同基因型，基因的个体因为在自然选择压力的条件下，不同基因型将自身所携带的基因通过繁殖遗传给后代的能力不一样，因此基因频率会发生改变。
4，完善了新物种产生机制，种群之间存在地理隔离，基因随机突变经过自然环境对基因有偏向的选择，久而久之不同种群之间产生了生殖隔离，种群基因库之间无法交流就产生了新物种。
除了各种考古学化石解剖学证据的支持，随着现代生物学的研究从基因水平到分子水平，各种基因，蛋白序列的进化分析也是支持现代进化论的。比如一些生命活动重要蛋白从低等生物到高等生物都非常保守，因为其突变就可能致死，所以在长期进化过程中在不同物种中差异都很小。