公司注册资金100万欠债1000万股东偿还100万，剩下的900万怎么办？剩下的900万债务主要看三个指标，根据三个指标的不同情况履行不同的偿债方案。

一、公司资产

1）、公司资产通常不等于注册资本金。

公司在正常经营过程中，公司资产由收到股东的投资款（部分注册资金或者全部注册资金）、公司经营赚取的利润、经营过程中经营性欠款等组成。用会计恒等式表述：资产=所有者权益+负债！

这里的公司资产，在股东实缴100万元注册资本金后，在经营过程中，理论上会大于或者小于100万元！

二、有限责任

1）题中已知，公司法定注册资本金100万元已经依法履行认缴义务。这时候须看公司的实际资产状况，比较理想的情况是，全部或者部分公司资产把900万元全部清偿！

2）、公司资产在正常经营过程中已经全部或者部分亏损完，股东已经履行认缴义务的情况下，公司实有资产不足以偿清900万元债务的，公司申请破产！对900万元债务承担以注册资本金为上限的有限责任，公司破产后退出市场！这里的900万元债务，根据资产状况，理论上可能还一部分、绝大部分、一分也还不了！

3）、公司资产已被股东恶意掏空的、或者有其他违法转移资产事实的，实有公司资产不足以偿清900万元债务，股东承担无限责任，以已知的个人及家庭财产（扣除合理生活必需品）清偿债务！且债权人有继续追讨剩余债务的权利！

三、现实经济业务关系

当债务人无法清偿债务的，债权人不会向人民法院申请破产保护。居于理性原则，破产后到期债务不能收回，相关债权成为既定事实，对债权人资产负债表及盈利状况表的影响巨大！债权人多半会与债务人达成有限度的和解，或者进入重组程序！保证债务人继续履行偿债义务的积极措施！