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由于题主给的已知条件太少，所以，我只能按我的思路来回答问题了。

100万元的利润如果直接转给自然股东或者老板，要交多少税，这个很简单，交20%的个人所得税就行了，即应交个人所得税100×20%＝20万元，因为根据个人所得税法的规定，自然人股东从被投资企业分回的投资收益，应作为投资人的“利息、股息、红利”所得计征个人所得税，税率为20%。只要是自然人股东都是一样的，与公司是一般纳税人还是小规模纳税人无关。

这个20%的个人所得税是不是太高了呢？这就是很多人不以自然人作为公司股东的原因之一。

很多人认为，不需要为老板或者股东做发放工资，因为公司的所有一切都是他们的。其实这种观点是错误的，如果每个月给老板或者股东发工资，那么可以实际情况进行测算，利用专项扣除、专项附加扣除、其他扣除等税收优惠政策，测算出工资薪金个人所得税率的临界点，合理发放老板或者股东的工资薪金，这样一年解决10多万是没有任何问题的；

如果老板或者股东如果在公司任职或担任高管，那平常肯定少不了参与公司的经营活动，那么产生的各种费用都需要在公司报销，但是请注意，这种情况下，需要注意支出的合理性以及票据的合法性；

另外，按照规定股东从公司借款，纳税年度终了后既不归还，又未用于企业生产经营的，其未归还的借款可视为企业对个人投资者的红利分配，依照“利息、股息、红利所得”项目计征20%个人所得税。

那么，股东就可以从公司提取备用金，用于公司经营，年底还回来就行了。

这个很好理解，这里的资产可以是房子、车子或者资金等；

比如：为公司经营需要，需要周转资金，那么股东借给公司资金，公司支付利息给股东，由股东开具利息发票来公司税前扣除，经过大数据的测算，自然人股东以借款利息的形式从公司拿走利润比分红的税负要低的多；

再比如：公司租用股东的车辆或者房产，股东与公司签订租车、租房协议，股东的车辆租赁给公司使用，支付汽车租赁费给股东，股东开具租赁费发票来公司报销，另外与该租赁车辆相关的燃油费、维修费、过桥过路费等都可以拿来报销，但是注意，属于车辆固定的保险费、车船税不能拿来报销；如果租的是房产，股东作为自然人，有房产税要交！但是无论如何都比直接分红要节税；

比如，如果正好股东想买辆100万元的车，那么，可以先由公司买一辆价值100万元的车辆，用一段时间过后低价过户给股东，在实务中，这种操作方式也是可行的，同样可以达到节税的效果；

如果到税收洼地注册一家个人独资企业，把属于自然人股东的股权转移到个人独资企业，因个人独资企业核定征收，综合税负较低且税收洼地均有扶持政策，也可以达到节税的目的；